精密で出るプレミアム竿とシャシャで製作するプレミアム竿の違いについて知っていることを列挙します。
なお、本文中において、「精密で出るプレミアム竿」 を 「通常のプレミアム竿」、「シャシャで製作するプレミアム竿」 と 「調合竿」 と呼称します。

1. チューニング材料について

まず、シャシャで製作するプレミアム竿の制限レベルの種類は、下一桁が0、1、2、5、6、7となります。
このうち、下一桁が1と2の竿のチューニング材料は、下一桁が0の竿と同じです。
下一桁が6と7の竿のチューニング材料は、下一桁が5の竿と同じです。

例)　制限レベル56竿のチューニング材料は、制限レベル55のチューニング材料と同じ。

同じ量のチューニング材料で、より制限レベルの高い竿のチューニングができると言うことが第1の特徴です

2. ゴールデンフィッシュについて (噂程度の情報)

「ゴールデンフィッシュは通常、LV30 ムーンリバー釣竿から釣ることができる。」 というのが一般的な認識でした。しかし、調合竿の場合、制限レベル30以下の竿でも釣れるという情報を耳にしています。

3. 幻の魚、深海魚釣りについて (ユーザーの感想程度の話として)

「調合竿の場合、通常のプレミアム竿に比べてマボがよく釣れ、深海魚を呼べる確率も高い。また、食い逃げも少ない」 という感想を一度ならず耳にしたことがあります。しかし、データの裏付けはありませんし、マボ率、深海率、食い逃げ率はそもそも乱数による偏りがあるので正確なところは全く分かりません。
ただ、ユーザーの個人的な感想として、そのような感想があることは、竿の違いの特徴として書き記しておきます。

4. 材料釣りについて

材料釣りについてです。「魔法の青銅カードや結晶は制限LV40 ロマンス釣竿 1-1 から釣ることができる」 というのが一般的な認識でしたが、LV36調合竿 (チューニング状態不明) で釣ることができるという話を耳にしています。
通常のプレミアム竿より早くカード、結晶を釣ることができるのは、調合竿のメリットの一つとして数えることができると思います。

また、これはユーザーの個人的な感想程度のお話ですが、「調合竿の方が、より高級な材料が釣れやすい」 という感想も耳にしています。しかし、データ的な裏付けがないので実際のところはわかりません。

以上、調合竿と通常のプレミアム竿の違いについて知っている事を列挙してみました。
列挙した大部分の事柄はデータ的な裏付けがない事柄なので、訂正、反対意見等ありましたらご指摘いただけますようお願いいたします。また、既に検証された方がいらっしゃいましたら検証結果をレポートしていただければ幸いです。
耳にした程度のお話として 「調合竿の方が良いような気がする」 という感想は結構耳にしますので、「調合竿の方が優れているのかも？」 という印象は感じていますがデータ的な裏付けはありません。

マボ釣り、深海釣り、材料釣りの検証などは、例えば、LV55 サンセットロマンスと LV55 サムライリールと言ったように、竿の制限レベルが同じ条件で検証した場合や、または、使用者LVが同じで、通常のプレミアム竿と調合竿を用いて検証した場合であるのが一番良いと思われます。
しかし、チューニングに多量の材料を要しますし、調査・検証目的以外で同レベル帯の調合竿と通常のプレミアム竿を持つメリットはほとんどありません。このようなことからそのような検証ができるユーザーは極めて限られるであろうと推察します。
一人のユーザーの努力として、通常のプレミアム竿と調合竿の違いを調査・検証することは非常に難しいと思いますので、多くのユーザーの調査による集合知をもって、この問いに回答を出すことができればいいなぁ～と思います。